O irmão mais velho de Sara Werec, de onze anos, Ralph, foi enviado para a linha de frente de uma guerra interestelar a 130 anos-luz de distância, e Sara prometeu se reunir com ele um dia como camarada. Cinco anos depois, Sara é estudante na Grapera Space Armed Soldier Academy, treinando para se tornar uma Reasoner, uma piloto de um sistema de armas avançado chamado "Strain".

Quando a academia é subitamente atacada por forças inimigas, Sara entra em batalha contra um Strain que rapidamente a domina. Depois de incapacitá-la, o piloto revela ser seu Ralph. Matando todos os outros alunos e destruindo a escola, ele desaparece, deixando Sara questionando tudo o que ela já conheceu. Soukou no Strain é a história de Sara quando ela volta a treinar com um novo nome, agora determinada a confrontar seu irmão e dar sentido às ações de seu irmão.

[Escrito por MAL Rewrite]