Era uma vez, uma raça conhecida como Shadow Angels atacou a Terra para colher a força vital de todos aqueles que habitavam o planeta. Graças a algum milagre ultrajante, os Anjos das Sombras ficaram adormecidos e a humanidade foi capaz de viver mais 12.000 anos sem temer a sua presença. Mas 11 anos depois de uma catástrofe chamada de Gênese Sagrada ter trazido a ruína à Terra, os Anjos das Sombras foram despertados de seu sono e retomaram os ataques mais uma vez.

Para dar uma chance à humanidade, uma organização conhecida como DEAVA foi formada, e o uso de uma arma robótica chamada Aquarion foi autorizado. Para que o Aquarion atinja a potência máxima, três pilotos devem combinar seus corações, corpos e almas em um só – um feito que poucos podem esperar realizar. Assim, foi priorizada a busca pelos chamados 'Usuários do Elemento', na esperança de garantir o futuro da humanidade.

Sousei no Aquarion segue a história de Apolo, um jovem quase selvagem criado na pobreza, que se acredita ser um herói lendário reencarnado. Depois que seu melhor amigo é levado pelos Shadow Angels, Apollo escolhe se tornar um piloto Aquarion. Será ele capaz de mudar o rumo da guerra e libertar a humanidade da ameaça dos Anjos das Sombras de uma vez por todas?