Muito antes da era do homem pré-histórico, uma espécie alienígena avançada habitava a Terra. Negligentes com o poder que detinham, esses seres acabaram causando sua própria morte. No entanto, os alienígenas deixaram um aviso para as futuras civilizações em tábuas indestrutíveis: destruir quaisquer restos da tecnologia ruinosa criada por sua espécie.

Nos tempos modernos, a Corporação ARCAM e a sua unidade paramilitar – os Spriggans – procuram selar as relíquias e impedir que actores renegados explorem os seus poderes. Após a recente descoberta da ARCAM nas montanhas Ararat do que se acredita ser a mítica Arca de Noé, Spriggan Yuu Ominae foi enviado para investigar.

No entanto, o local é emboscado pelo US Machine Corps – uma facção radical do Departamento de Defesa liderada pelo Coronel MacDougall. Por ordem do Pentágono, MacDougall procura proteger o principal cientista da ARCAM e apreender o artefato. Juntando-se ao colega Spriggan Jean Jacquemondo, Yuu deve impedir que MacDougall e os soldados de elite do Machine Corps avancem na Arca antes que seja tarde demais.

[Escrito por MAL Rewrite]