A tragédia atinge a vida de Cless Alvein, um jovem espadachim, e Chester Barklight, um jovem arqueiro, quando eles retornam à sua aldeia de Totus para encontrá-la arrasada pelo misterioso Cavaleiro Negro. Para dominar o mundo, o Cavaleiro Negro procura reivindicar o poder do Rei Demônio, Dhaos – selado pelos ancestrais de Cless e por um jovem clérigo chamado Mint Adnade. O redespertar de Dhaos sinaliza não apenas o fim do Cavaleiro Negro, mas potencialmente do mundo. Cless e Mint devem agora viajar um século no passado para reunir aliados capazes de derrotar o Rei Demônio de uma vez por todas.

Tales of Phantasia The Animation segue a jornada de Cless e Mint no tempo, até muito tempo atrás, onde eles forjam uma aliança com a feiticeira meio-elfa Arche Klaine e o invocador Klarth F. Lester. Juntos, eles se esforçam para derrotar Dhaos e seu exército para salvar o passado e também os anos que virão.