No Asilo Arkham, Batman enfrenta Gorilla Grodd enquanto tenta destruir a mais nova invenção de Grodd: o Quake Engine. Em meio ao caos, o motor é ativado e todo o asilo desaparece repentinamente no ar - Batman junto com ele. Assim que a poeira baixa, Batman se vê no meio de uma estrada desconhecida. Ele logo percebe que não está mais em Gotham City, mas sim no Japão Feudal!

O espanto rapidamente desaparece quando samurais descem sobre ele, tentando tirar sua vida. Mais tarde, a investigação de Batman o leva a descobrir que o responsável pela ordem de morte não é outro senão seu arquiinimigo, o Coringa. Após um encontro com a Mulher-Gato, ele descobre que os criminosos do asilo se teletransportaram para lá dois anos antes - cada um governando um pedaço do Japão, com Joker sendo o senhor da guerra dominante.

Para voltar para casa, Batman deve reativar o Quake Engine, situado nos restos do asilo, hoje conhecido como Castelo Arkham. No entanto, há um problema: além do cinto de gadgets, o arsenal que antes estava ao seu alcance praticamente desapareceu. Ninja Batman segue o Cavaleiro das Trevas enquanto ele atravessa um ambiente novo e estranho, enfrentando inimigos familiares em uma tentativa de retornar a Gotham inteiro.