Num futuro distante, devido a uma guerra interplanetária que durou séculos, as civilizações foram arruinadas. Os seres humanos perderam tudo e apenas 1/5 da população sobreviveu. Diz-se que uma estranha raça de humanos, “O Terceiro”, apareceu logo após a guerra. Eles possuem um terceiro olho, como o nome sugere, que aparece como pupilas vermelhas de formato oval chamadas "olhos espaciais" sobre seus dois olhos convencionais. Usando-os, eles podem controlar sistemas de computador e assim por diante e, como tal, governar o mundo por seu poder superior sobre a tecnologia.

Neste mundo, existe uma jovem chamada Honoka; ela é uma mercenária "pau para toda obra" e aceita qualquer trabalho, exceto assassinato. Um dia, ela encontra e resgata um jovem chamado Ikus no deserto. Entrando em seu mundo e aceitando um emprego dele, a aventura começa para Honoka e Ikus.

(Fonte: BestAnime, modificado)