No ano de 2167, uma onda de radiação liberada pela supernova da estrela próxima Hydrus Beta causou danos cataclísmicos na Terra, deixando milhões de mortos. Agora, é o ano 2356. Unida para reconstruir a Terra, a humanidade prepara-se para a segunda onda de destruição da supernova.

A fim de proteger o planeta de danos futuros, enormes colônias espaciais chamadas “Fundações” foram construídas em todo o Sistema Solar. Atuando como centros de conhecimento e exploração, é em uma dessas fundações - a Stellvia - que Shima Katase se inscreve para ser uma estudante preparatória contra a vontade de sua mãe, aspirando ver o espaço diretamente com seus próprios olhos.

No Stellvia, Katase treina para se tornar piloto e espera ser selecionado para a "Grande Missão" de proteger a Terra da segunda onda. Enquanto ela luta tanto com suas aulas de piloto quanto com sua tumultuada vida social, ela lentamente se transforma em alguém que talvez seja capaz de proteger a humanidade.

[Escrito por MAL Rewrite]