Três anos desde o retorno do lendário Space Battleship Yamato, a Terra começou a se reconstruir e fez as pazes com os Gamilans. No entanto, esta recuperação tem o custo da utilização da tecnologia proibida Wave Motion.

Enquanto isso, os notórios ex-tripulantes do Yamato, cada um seguindo caminhos separados, recebem uma mensagem psíquica da misteriosa Deusa Teresa. Ela os incentiva a retornar à sua amada nave e viajar para o distante planeta Terezart. É-lhes prometido um poder revolucionário para combater a ameaça sem precedentes do implacável Império Gatlantis, que se aproxima da Terra com intenções quase inocentes.

Incapaz de resistir ao seu apelo, a tripulação reúne-se e zarpa em outra perigosa viagem intergaláctica, que testará a sua coragem e versatilidade face a um inimigo ainda maior.

[Escrito por MAL Rewrite]