Em Vandread, os homens são de Marte e as mulheres são de Vênus! Bem, não exatamente. A tecnologia permitiu à humanidade colonizar toda a galáxia da Via Láctea e, num sistema estelar, homens e mulheres vivem em dois planetas diferentes, Taraak e Mejere. Uma guerra de gênero amarga e muito literal se intensifica, a ponto de eles nem se verem mais como a mesma espécie!

Hibiki Tokai, um trabalhador de terceira classe de Taraak, acaba preso em um navio de guerra após uma tentativa fracassada de roubar um robô. Quando as mulheres piratas capturam a Vanguarda Taraakiana, as coisas não parecem que poderiam piorar para Hibiki. Infelizmente, eles fazem; quando a tripulação masculina do Vanguard dispara em seu navio capturado em desespero, eles criam um buraco de minhoca gigante, que suga o Vanguard e os navios do pirata Mejeran para dentro de si! Agora, presos longe dos seus planetas de origem, estes homens e mulheres devem aprender a trabalhar juntos se quiserem regressar a casa.