Ambientado em 2142, Wonderful Days retrata um mundo que foi quase destruído pela poluição ambiental. A vida humana como a conhecemos está quase extinta e apenas alguns conseguiram sobreviver ao colapso do ecossistema da Terra. Para lidar com o caos, foi criada uma cidade chamada Ecoban. A cidade utiliza a própria poluição que causou o desastre como fonte de energia.

No entanto, embora o plano inicial tenha sido bem sucedido até certo ponto, não criou apenas uma nova fonte de energia, mas também um grupo de elite de pessoas. Esta facção de prestígio acredita que está acima do sistema e não está disposta a aceitar sobreviventes de fora da cidade, a menos que sejam colocados para trabalhar como trabalhadores.

Entre as pessoas que vivem no deserto fora de Ecoban está um jovem chamado Shua. Ele leva uma vida muito difícil, mas tenta aproveitá-la ao máximo através do amor que sente por seu amigo de infância Jay. Infelizmente, Jay pode estar mais interessado em seu comandante de segurança, Cade, do que em Shua, e assim um triângulo amoroso é formado. Shua não apenas precisa lidar com o desgosto, mas também encontrar uma nova maneira de sobreviver nas ruínas deixadas pelo outrora belo planeta Terra.