Os habitantes de Gamil enfrentam o maior obstáculo de sempre: o seu planeta está a morrer a um ritmo alarmante. Para salvar o seu povo e transferi-lo para terras habitáveis, Aberdt Desler finge submissão ao governo opressivo do planeta Galman, que abriga uma raça quase idêntica aos Gamilans. O verdadeiro objectivo de Desler é assumir o controlo e acelerar a salvação da sua nação. No entanto, à medida que os Gamilanos iniciam a sua migração, um enorme poder não identificado ataca-os e deforma completamente o seu planeta gémeo – Iscandar, o lar da Rainha Starsha.

Enquanto isso, a Terra comemora o sucesso do magnífico Navio de Batalha Espacial Yamato e sua heróica tripulação. Uma nova geração de recrutas promissores junta-se ao Yamato e aos seus dois novos navios de apoio, liderados por Yuki Mori e Shirou Sanada. Mas nem todos concordam com as decisões anteriores do seu capitão, Susumu Kodai. Durante a missão de treinamento de seis meses do Yamato e a reunião diplomática com os Gamilans, a tripulação fica sabendo da recente catástrofe e, contra todas as ordens, Kodai comanda a frota para Iscandar para ajudar os refugiados sobreviventes.

[Escrito por MAL Rewrite]