Em uma tarde ensolarada em seu apartamento em Paris, a assassina de aluguel Mireille Bouquet recebe um estranho e-mail de Kirika Yuumura, uma jovem estudante japonesa, convidando-a para "fazerem uma peregrinação ao passado" juntas. Inicialmente pensando que o e-mail era um absurdo, ela muda de ideia quando começa a tocar uma música que ela reconhece desde a juventude.

Ao se conhecerem pessoalmente, os dois são subitamente emboscados por homens armados. Embora Mireille seja capaz de se defender do ataque, ela descobre que Kirika é bastante hábil em situações de combate depois de matar vários homens armados sozinha. Apesar de sua habilidade em matar, Kirika lamenta sua incapacidade de sentir remorso por suas vítimas. Além disso, Kirika aparentemente não se lembra de como adquiriu as habilidades que possui ou mesmo de sua verdadeira identidade.

Sentindo a história compartilhada entre eles, Mireille concorda em se juntar a Kirika e, juntos, embarcam em uma jornada para desvendar os mistérios de seu passado. Operando sob o codinome “Noir”, a frágil aliança da dupla é testada quando eles começam a aceitar empregos, cada um aproximando-os da verdade sobre quem eles realmente são.

[Escrito por MAL Rewrite]